培養細胞なら、スライドにはっつけてそのままin situに持って行った方が簡単な気がしますが。専用のチャンバーも便利なのが色々あった様に思います。
でも、細胞を切らなきゃいけない様な理由があるのですか。
もっとも、良い先生が身近にいるのだから、釈迦に説法か。
何だかとっても難しそうですね。

FISHの時は丸いガラス板に細胞を生えさせて、ガラス板を12wellのマイクロプレートの中で処理するのですが、ヒト組織を扱うシミュレーションとして培養細胞（の固まり）をパラフィン包埋してFISHをやってみたいのだそうです。

うちは私以外だれもパラフィン包埋なんてやり方は知らんからなあ。。。。